在婚姻关系中，当一方与第三者发生不正当关系并生育子女时，原配是否有权起诉小三是一个复杂且敏感的问题。在中国法律体系中，涉及到婚姻、家庭、继承等方面的法律规定是相当完善的。以下是对这个问题的正式分析：

1. **法律依据**：

   - 《中华人民共和国婚姻法》规定，夫妻双方有互相忠诚的义务。如果一方违反这一义务，另一方可以提出离婚。

   - 《中华人民共和国民法典》进一步明确了夫妻之间的忠实义务，并对婚姻中的不忠行为进行了规定。

2. **小三生子的法律地位**：

   - 如果小三与原配的丈夫没有合法婚姻关系，那么小三所生的子女在法律上并不具有与婚生子女相同的权利。例如，他们不能自动获得原配丈夫的财产继承权。

   - 但是，小三所生的子女仍然享有与其他非婚生子女相同的权利，如受教育、医疗等基本权利。

3. **原配的权利**：

   - 原配可以基于婚姻法中规定的忠实义务，提出离婚。如果原配能够证明丈夫与小三的不正当关系，这可能会成为离婚诉讼中的一个有力证据。

   - 原配还可以要求小三承担因她的行为造成的经济损失。

4. **小三的责任**：

   - 如果小三明知自己与原配的丈夫没有合法婚姻关系，但仍与其发生不正当关系并生育子女，她可能需要承担一定的法律责任。

   - 在某些情况下，小三还可能面临行政处罚，如罚款等。

5. **实际操作中的难点**：

   - 在实际操作中，证明小三与原配的丈夫存在不正当关系可能是一个难题。需要提供确凿的证据，如通话记录、短信、照片等。

   - 另外，即使证明了小三与原配的丈夫存在不正当关系，法院是否判决离婚还需要考虑其他因素，如夫妻双方的感情基础、是否存在其他导致离婚的原因等。

6. **建议**：

   - 面对这种情况，原配首先应该冷静下来，寻求专业的法律咨询，了解自己的权利和可能的法律途径。

   - 如果决定起诉，务必确保提供充分的证据，以增加胜诉的可能性。

   - 同时，考虑到家庭的稳定和孩子的成长，原配也应该与丈夫进行沟通，寻求和解的可能。

总之，原配在面对小三生子的情况时，确实有权利采取法律手段来维护自己的权益。但在实际操作中，需要谨慎行事，确保自己的权益得到最大程度的保障。